Η μεθοδολογία αξιολόγησης των Πράξεων που συγχρηματοδοτούνται από το Πρόγραμμα «Περιβάλλον και Κλιματική Αλλαγή» 2021-2027 βασίζεται στις «Οδηγίες για την αξιολόγηση των προτάσεων (πλην κρατικών ενισχύσεων) που συγχρηματοδοτούνται από τα Προγράμματα που υποστηρίζονται από τα Ταμεία ΕΤΠΑ (στόχος «Επενδύσεις στην απασχόληση και την ανάπτυξη»), ΕΚΤ+, ΤΣ, ΤΔΜ και ΕΤΘΑ», της Ειδικής Υπηρεσίας Θεσμικής Υποστήριξης της Εθνικής Αρχής Συντονισμού. Η Διαχειριστική Αρχή (ΔΑ) εισηγείται προς έγκριση στην Επιτροπή Παρακολούθησης του Προγράμματος τη μεθοδολογία αξιολόγησης καθώς και τα κριτήρια επιλογής Πράξεων για τις δράσεις του Προγράμματος. Για τα έργα του Προγράμματος επιλέγονται: α) η άμεση αξιολόγηση όπου κάθε πρόταση που υποβάλλεται αξιολογείται άμεσα χωρίς να απαιτείται να παρέλθει η προθεσμία υποβολής και εφόσον ικανοποιεί τα κριτήρια που ορίζονται στην πρόσκληση προωθείται για ένταξη στο Πρόγραμμα και β) η συγκριτική αξιολόγηση, όπου και ορίζεται στην Πρόσκληση η αρχική και η καταληκτική ημερομηνία μέχρι την οποία πρέπει να υποβληθούν οι προτάσεις των δυνητικών δικαιούχων. Η έναρξη της αξιολόγησης των προτάσεων ξεκινά μετά τη λήξη της προθεσμίας υποβολής των προτάσεων. Από τα κριτήρια τα οποία βαθμολογούνται προκύπτει η συνολική βαθμολογία της κάθε πρότασης, βάσει της οποίας θα καθοριστεί η σειρά κατάταξης των προτάσεων. Οι προτάσεις που επιλέγονται για χρηματοδότηση (μέχρι να εξαντληθεί ο διαθέσιμος προϋπολογισμός της πρόσκλησης) είναι εκείνες με τις υψηλότερες βαθμολογίες.

Υπάρχουν δύο ομάδες κριτηρίων: 
1. Κριτήρια Πράξεων (Εκτός Τεχνικής βοήθειας)
2. Κριτήρια Πράξεων Τεχνικής Βοήθειας